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CDMEDIC. Sistema de PACS Opensource
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Pablo Sau 
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Sevilla, España. |
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El proyecto CDMEDIC surge de la necesidad personal de aportar mi granito de arena como agradecimiento a la utilidad que he encontrado en el uso de Software Libre.
Hemos pasado de una época donde el diagnóstico por imagen era sólo analógico, a una era digital, de una época de aislamiento a la comunicación global, de costosísimas estaciones de trabajo a baratos y potentes ordenares personales, y pese a todo mucha gente los continúa utilizando como meras máquinas de escribir y poco más.
Las técnicas radiográficas ya no sólo aportan proyecciones en 2D sino que ya son frecuentes los estudios en 3D y 4D, cada vez aportando ingentes cantidades de datos que precisan de ordenadores para su procesado, cada vez aumentando los requerimientos de almacenamiento, antes un estudio cabía en un floppy, luego unos pocos en un disco magneto-óptico, y ahora un sólo estudio de RM cardiaca o un TAC multicorte pueden precisar de un CD ROM e incluso de un DVD.
Ahora ya no solo se estudian por separado distintas exploraciones de diagnóstico por imagen sino que se registran y fusionan, incrementando su sensibilidad y precisión diagnóstica y resultando más valiosas para el clínico.
Las casas comerciales nos vendían máquinas cuyo resultado digital tenía un formato propietario, que obligaba a usar sus productos, a un elevado costo, tanto para el procesado de imágenes como para su almacenamiento.
Gracias a la aparición del protocolo DICOM, es posible conectarse con las máquinas y obtener los estudios para su procesado y almacenaje, sin tener que desentrañar formatos crípticos propietarios.
La aparición de los PACS, archivos de imágenes que siguen el protocolo DICOM, facilita el almacenaje y recuperación de estudios, pero las soluciones comerciales son caras y a veces desproporcionadas, quedando un costoso gran archivo apenas ocupado o por el contrario uno pequeño saturándose y siendo compleja y cara, en cuanto tiempo y dinero, su ampliación.
Las soluciones software comercial son como navajas suizas, en teoría según su hoja de especificaciones hacen de todo, pero luego intentar usar la tijerita de la navaja, su mini destornillador o incluso pelar una manzana puede resultar bastante incómodo si no imposible, cualquier modificación o mejora de producirse puede tardar varias versiones de software, previo pago en mantenimiento, y las sugerencias del cliente se disuelven en una miríada de personal de las grandes empresas.
Así que un poco harto del "vapor ware", me decidí a compartir soluciones basadas en Software Libre , que pese a no ser "FDA approved", no tener hoja de especificaciones universal pueden ayudar a solucionar problemas concretos de manera cómoda y gratuita.
La filosofía UNIX con su principio KISS(Keep It Small and Simple) ha calado en mí, y prefiero el minimalismo de las pequeñas aplicaciones que usan pocos recursos de ordenador y resuelven eficientemente tareas específicas con requerimiento del usuario sólo cuando sea imprescindible, que los macro programas "navaja suiza", que quizá al principio muestran una interfaz atractiva e aparentemente intuitiva, pero que llegan a producir un síndrome del tunel carpiano por sobreuso de las pulsaciones del botón izquierdo del ratón para reconfirmar lo anteriormente ya confirmado.
Gracias a Internet, al software GNU-LINUX , a Source Forge y a los juegos de ordenador, ¿a los juegos de ordenador? Sí, han hecho posible el proyecto CDMEDIC.
A Internet por proporcionar acceso a fantásticos programas creados muchos de ellos por universidades y puestos a disposición de todo el mundo.
A GNU-LINUX por convertir a un ordenador personal en una estación de trabajo UNIX, de desarrollo de software, permitiendo compilar los programas arriba mencionados muchos de ellos desarrollados en UNIX.
A Source Forge, el repositorio más grande del mundo de desarrollo y descarga de software de código y aplicaciones de código abierto, por su servicios y hospedaje gratuito.
A los juegos de ordenador, que al ser un gran negocio ha impulsado a los fabricantes de hardware a crear procesadores mas potentes, incremento de la RAM, veloces tarjetas gráficas y discos duros de gran capacidad, siendo ahora un moderno y barato ordenador personal más potente que una cara estación de hace pocos años.
¿Objetivos del proyecto CDMEDIC?
Primero hacer que los ordenadores personales hablen DICOM, necesario para poder obtener los estudios de las modalidades diagnósticas en formato digital para su posterior procesamiento y posibilitar la creación de PACS, pero no sólo para poder archivar unos pocos estudios sino poder llegan a almacenar miles de ellos.
Segundo compilar y empaquetar programas de gran utilidad en el diagnóstico por imágenes para facilitar su instalación y uso.
Tercero facilitar la conversión entre diversos formatos de archivos de imágenes, tanto de DICOM a formatos gráficos de uso común como a formatos, como AFNI, Analyze-SPM, específicamente usados por algunos programas.
Cuarto documentar y divulgar el uso de dichos programas.
Quinto influir sobre las nuevas generaciones de ingenieros informáticos para se especialicen en software de uso médico desde los requerimientos de los profesionales médicos.
¿Qué objetivos del proyecto CDMEDIC se han cumplido?
El primero se ha cumplido con el software cdmedic pacs web, basado en CTN y DCMTK, que permite convertir a un ordenador en un PACS, almacenando estudios DICOM siendo sus imágenes accesibles vía web con la creación dinámica de páginas html, que contienen las imágenes DICOM convertidas a jpg y los vídeos de cardio RM en GIFs animados, también creando animaciones de MIPs rotantes de los estudios de PET y reformateo de estos a cortes axiales, sagitales y coronales. La administración del PACS es también vía web, permitiendo tener un ordenador sin teclado ni pantalla dedicado como PACS.
El segundo también se ha cumplido, empaquetando para la distribución Debian, programas todavía no disponibles para está pero que afortunadamente ya están en trabajo de inclusión en el árbol oficial de la distribución.
El tercero se ha logrado por la inclusión de un pequeño programa que escucha DICOM y cuando recibe una serie en un puerto específico la convierte automáticamente a los formatos AFNI y Analyze-SPM, usados por programas como AFNI, AMIDE y FSL.
Cuarto, la divulgación se ha echo posible gracias a la creación de "CD lives", cdmedic.isos, basados en KNOPPIX, que corren LINUX desde el CD y la RAM del ordenador sin necesidad de instalación en el disco duro, ideales para demostración tanto de las capacidades del LINUX como de los programas de uso médico. En cuanto a la documentación he traducido al castellano el manual del AMIDE y también he añadido un diccionario médico al corrector ortográfico del Open Office.
Quinto, estoy participando en las tutoría de proyectos de fin carrera de ingeniería informática para intentar inculcar el entusiasmo por el procesado de imagen médica, proponer nuevos retos evitando que reinventen la rueda, involucrarles en la filosofía de Software Libre, y procurar evitar que se aten a sistemas operativos y a lenguajes de programación específicos.
Como resultado de todo lo anterior, es posible recibir, almacenar, convertir estudios DICOM y otros formatos de imagen médica a prácticamente cualquier formato con XMedcon e ImageMagick, hacer fusión de imágenes con AMIDE tanto de TAC, PET y RM obteniendo proyeciones volumétricos de las tres y vídeos del vuelo por los cortes axiales, coronales y sagitales en mpeg, procesado de RM funcional en inscripción de estudios cerebrales al atlas de Tailarach con AFNI, cuantificación de la atrofia cerebral, segmentación del cerebro y cuantificación de la substancia blanca, gris y del líquido cefaloraquídeo con FSL, hacer presentaciones, colecciones de enseñanza, todo eso y mucho más utilizando Software Libre.
Usar Software Libre no es sólo posible si no aconsejable en los estudios de investigación, ya que se puede objetar el uso del software propietario dado su naturaleza de "caja negra", desconociéndose con precisión los algoritmos que corren en su interior. Más información sobre este particular en la Presentación del "Open Science Project" de J. Daniel Gezelter Profesor Asistente del Departamento de Química y Bioquímica de la Universidad de Notre Dame.
Como conclusión auguro un buen futuro, si las legislación de patentes no lo impide, al Software Libre ya aparte del ejercicio de las libertades GNU, se añade la libertad de usar casi cualquier plataforma de hardware . Ni Wilhelm Conrad Röntgen patentó los rayos X ni Marie Curie la radiactividad, que una decisión política no ponga el juego del futuro de lo que puede suponer no sólo una revolución social sino científica.
GNU http://www.gnu.org/home.es.html
LINUX http://www.linux.org/
DEBIAN http://www.debian.org/
SOURCEFORGE http://sourceforge.net/
DICOM http://medical.nema.org/
CTN http://www.erl.wustl.edu/DICOM/ctn.html
DCMTK http://www.offis.uni-oldenburg.de/projekte/dicom/soft-docs/soft01_e.html
AMIDE http://amide.sourceforge.net/
AFNI http://afni.nimh.nih.gov/afni/
FSL http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/
XMEDCON http://xmedcon.sourceforge.net/
IMAGEMAGICK http://www.imagemagick.org/
KNOPPIX http://www.knoppix.org/
OPENOFFICE http://www.openoffice.org/
CDMEDIC http://sourceforge.net/projects/cdmedicpacsweb/
- Especialista en Medicina Nuclear |
Publicación: Noviembre 2005
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